《口袋妖怪终极红宝石和始源蓝宝石》为《口袋妖怪红宝石和蓝宝石》的复刻版，新作品也将在最新的3DS平台登录，同时新作品也将拥有更多的新元素，以下为大家简单的说明复刻版与原版有哪些不同之处。
和神奇宝贝红蓝宝石版的不同
平台
红蓝宝石版在GBA上运行。
终极红宝石和始源蓝宝石在3DS上运行，支持七国语言。
神奇宝贝
能够超进化的神奇宝贝数量增加，已经公布的新的超级神奇宝贝包括蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨金怪、蒂安希、七夕青鸟、暴蝾螈、长耳兔、差不多娃娃、呆河马、喷火驼、巨牙鲨、艾路雷朵、烈空坐、大针蜂、比雕、拉帝欧斯、拉帝亚斯、大钢蛇、冰鬼护。
固拉多和盖欧卡可以进行原始回归，变化后型态为原始固拉多和原始盖欧卡。
一些在第四世代新增进化前或进化型而在丰缘地方出现的神奇宝贝在一周目也会出现，如夜黑魔人及艾路雷朵。
无限神奇宝贝的超进化型态可以使主角在全丰缘地方上空飞行，且可以寻找异次元入口，遇到第二世代，第四世代，第五世代的封面神奇宝贝，这与能制造圆环的神奇宝贝有关。
人物与剧情
祐树和小遥开始携带超进化手镯，类似于X‧Y中的超进化环，服装变化接近绿宝石版，但是配色仍然与红蓝宝石版相似。
火岩队和水舰队依然根据版本不同作为正义方或敌对组织，各成员都有了新的形象。
大吾继续出现并作为引导主角的关键青年，而且在本作中他会寻找超进化的秘密，并且担任丰缘地方的冠军。
在绿宝石版成为冠军的米可利会依照红蓝宝石版是道馆训练家，不过玩家在变幻篇章仍可以挑战他在绿宝石版的冠军队伍。
四天王芙蓉会在一周目使用夜黑魔人。
小光的雄性拉鲁拉丝不再进化为沙奈朵，而是进化为更加符合其性别的艾路雷朵，且可以进行超进化。
新增加重要角色基利、露琪雅和曼珠。
功能
秘密基地进化为超级秘密基地，并对应3DS的瞬缘通讯。
神奇宝贝领航员进化为神奇宝贝多功能领航员，囊括了诸多新功能。
神奇宝贝
版本限定神奇宝贝
终极红宝石
273
橡实果
草
274
长鼻叶
草恶
275
狡猾天狗
草恶
303
大嘴娃
钢妖精
335
猫鼬斩
一般
338
太阳岩
岩石超能力
381
拉帝欧斯
龙超能力
383
固拉多
地上
始源蓝宝石
270
莲叶童子
水草
271
莲帽小童
水草
272
乐天河童
水草
302
勾魂眼
恶幽灵
336
饭匙蛇
毒
337
月石
岩石超能力
380
拉帝亚斯
龙超能力
382
盖欧卡
水
若在游戏拥有无限船票，则可以捕获拉帝亚斯ΩR或拉帝欧斯αS。