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[VASP]
含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢？
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发表于 Post on 2023-1-13 22:37:49
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请教高手，含有128个原子的异质结，将大部分原子都固定了，为什么优化起来速度仍然很慢，怎样提高计算速度。我在用64核超算结构优化。Ti 的化合物与 Co 形成的异质结。INCAR 如下：
Global Parameters
ISTART = 1 (Read existing wavefunction; if there)
ISPIN = 1 (Non-Spin polarised DFT)
# ICHARG = 11 (Non-self-consistent: GGA/LDA band structures)
LREAL = .FALSE. (Projection operators: automatic)
ENCUT = 550 (Cut-off energy for plane wave basis set, in eV)
PREC = Normal (Precision level)
LWAVE = .TRUE. (Write WAVECAR or not)
LCHARG = .FALSE. (Write CHGCAR or not)
ADDGRID=.FALSE. (Increase grid; helps GGA convergence)
Electronic Relaxation
ISMEAR = 0 (Gaussian smearing; metals:1)
SIGMA = 0.05 (Smearing value in eV; metals:0.2)
NELM = 90 (Max electronic SCF steps)
NELMIN = 6 (Min electronic SCF steps)
EDIFF = 1E-05 (SCF energy convergence; in eV)
# GGA = PS (PBEsol exchange-correlation)
Ionic Relaxation
NSW = 100 (Max ionic steps)
IBRION = 2 (Algorithm: 0-MD; 1-Quasi-New; 2-CG)
ISIF = 2 (Stress/relaxation: 2-Ions, 3-Shape/Ions/V, 4-Shape/Ions)
EDIFFG = -2E-02 (Ionic convergence; eV/AA)
# ISYM = 2 (Symmetry: 0=none; 2=GGA; 3=hybrids)
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发表于 Post on 2023-1-14 09:33:02
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固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先把截断能降低，K点网格也可以减少一些，先粗优化然后把两者提高再优化
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发表于 Post on 2023-1-14 10:06:05
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waitingseven 发表于 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先 ...
ok 3Q
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发表于 Post on 2023-1-16 21:35:51
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wmg166 发表于 2023-1-14 10:06
ok 3Q
这个INCAR 如顶楼所示，EDIFF = 1E-05。 OSIZCAR 这样，是不是快收敛了 ？
DAV: 47 -0.925785643690E+03 -0.12776E-04 -0.14932E-04 8384 0.272E-02 0.668E-02
DAV: 48 -0.925785639866E+03 0.38237E-05 -0.11064E-04 7680 0.237E-02 0.289E-02
DAV: 49 -0.925785645465E+03 -0.55996E-05 -0.44770E-05 7680 0.154E-02
4 F= -.92578565E+03 E0= -.92562541E+03 d E =0.526564E+01
curvature: 4.28 expect dE= 0.231E+03 dE for cont linesearch 0.831E+02
ZBRENT: bracketing found
ZBRENT: interpolating
opt : 4.6410 next Energy= -936.660382 (dE=-0.561E+01)
bond charge predicted
N E dE d eps ncg rms rms(c)
DAV: 1 -0.880899254561E+03 0.44886E+02 -0.73533E+03 11520 0.154E+02 0.260E+01
DAV: 2 -0.106428205453E+04 -0.18338E+03 -0.13172E+03 19840 0.682E+01 0.141E+02
DAV: 3 -0.990670504329E+03 0.73612E+02 -0.12897E+03 18112 0.592E+01 0.808E+01
DAV: 4 -0.101770971717E+04 -0.27039E+02 -0.70394E+02 18368 0.620E+01 0.895E+01
DAV: 5 -0.981086019690E+03 0.36624E+02 -0.34334E+02 19776 0.530E+01 0.934E+01
DAV: 6 -0.949673753056E+03 0.31412E+02 -0.17780E+02 17984 0.269E+01 0.477E+01
DAV: 7 -0.947779320323E+03 0.18944E+01 -0.12012E+02 18240 0.195E+01 0.460E+01
DAV: 8 -0.945350083759E+03 0.24292E+01 -0.85577E+01 18304 0.168E+01 0.394E+01
DAV: 9 -0.943336945301E+03 0.20131E+01 -0.60339E+01 19136 0.143E+01 0.337E+01
DAV: 10 -0.942437203369E+03 0.89974E+00 -0.55404E+01 18304 0.150E+01 0.328E+01
DAV: 11 -0.947645639981E+03 -0.52084E+01 -0.11084E+02 18944 0.193E+01 0.531E+01
DAV: 12 -0.942837986962E+03 0.48077E+01 -0.81785E+01 19840 0.182E+01 0.396E+01
DAV: 13 -0.939518560242E+03 0.33194E+01 -0.36882E+01 18496 0.126E+01 0.262E+01
DAV: 14 -0.938512429557E+03 0.10061E+01 -0.25048E+01 18624 0.900E+00 0.229E+01
DAV: 15 -0.938633990104E+03 -0.12156E+00 -0.22280E+01 19456 0.969E+00 0.215E+01
DAV: 16 -0.938946305230E+03 -0.31232E+00 -0.25537E+01 19008 0.952E+00 0.235E+01
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发表于 Post on 2023-1-29 21:49:48
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waitingseven 发表于 2023-1-14 09:33
固定原子只是在得到电子密度后限制一些原子的移动，实际上电子密度的计算量也没有减少，想减少计算量可以先 ...
截断能降低到400 ， EDIFF 设为 e-4 , 计算速度依然很慢, 三天才一步。 怎么办
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发表于 Post on 2023-1-29 22:47:04
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wmg166 发表于 2023-1-29 21:49
截断能降低到400 ， EDIFF 设为 e-4 , 计算速度依然很慢, 三天才一步。 怎么办
64核128个原子的计算应该不至于这么慢，是不是VASP编译的有问题，其他任务的运行是否正常？
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发表于 Post on 2023-1-30 08:57:05
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对于大体系，可以设置LREAL = AUTO
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发表于 Post on 2023-2-1 09:52:27
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本帖最后由 wmg166 于 2023-2-1 09:54 编辑
waitingseven 发表于 2023-1-29 22:47
64核128个原子的计算应该不至于这么慢，是不是VASP编译的有问题，其他任务的运行是否正常？
我的32核，64 G内存。 我不懂编译，可能是编译有问题。。 有空您可以帮我看一下吗 ？ 您QQ多少 ？ 我QQ ：1870891108
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发表于 Post on 2023-2-1 11:10:58
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wmg166 发表于 2023-2-1 09:52
我的32核，64 G内存。 我不懂编译，可能是编译有问题。。 有空您可以帮我看一下吗 ？ 您QQ多少 ？ ...
我对编译不是很在行，自己也是通过sob老师的教程编译的，用起来没问题，你可以看看sob老师在bilibili上录的编译视频，按照教程自己操作起来比较简单
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发表于 Post on 2023-2-2 01:37:59
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用CP2K优化这种尺寸的体系极其轻松，像样的双路服务器下不超过两分钟就能结构优化一步，结果立等可取。图快用CP2K是首选
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
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ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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发表于 Post on 2023-2-2 12:51:18
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waitingseven 发表于 2023-2-1 11:10
我对编译不是很在行，自己也是通过sob老师的教程编译的，用起来没问题，你可以看看sob老师在bilibili上录 ...
有可能是Intel编译器无法释放内存，可以看一下内存情况；再者，每台机子都有合适的NPAR值，需要测试，并不是慢就是全怪计算机。。。
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发表于 Post on 2023-2-3 22:29:02
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wsz 发表于 2023-1-30 08:57
对于大体系，可以设置LREAL = AUTO
我设置 LREAL = AUTO ，计算进行不了 ？ why ？ 求指点
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发表于 Post on 2023-2-3 22:34:28
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本帖最后由 wmg166 于 2023-2-4 09:56 编辑
876449830 发表于 2023-2-2 12:51
有可能是Intel编译器无法释放内存，可以看一下内存情况；再者，每台机子都有合适的NPAR值，需要测试，并 ...
您看一下 ，这是内存状况，怎样改进：
[root@node01 ~]# free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 64410 40154 24255 0 523 20507
-/+ buffers/cache: 19123 45286
Swap: 65546 13 65533
[root@node01 ~]# free
total used free shared buffers cached
Mem: 65956372 41113572 24842800 0 535988 20999384
-/+ buffers/cache: 19578200 46378172
Swap: 67119532 13512 67106020
另一台：
[root@localhost ~]# free -m
total used free shared buff/cache available
Mem: 64244 16500 38242 122 9500 46970
Swap: 32255 0 32255
[root@localhost ~]# free
total used free shared buff/cache available
Mem: 65786428 16896260 39161300 125064 9728868 48098048
Swap: 33030140 0 33030140
第三台 ： [root@localhost ~]# free -m
total used free shared buff/cache available
Mem: 128738 71368 56749 330 620 56466
Swap: 4095 0 4095
[root@localhost ~]# free
total used free shared buff/cache available
Mem: 131828324 73081016 58112232 338024 635076 57821792
Swap: 4194300 0 4194300
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发表于 Post on 2023-2-5 14:18:25
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wmg166 发表于 2023-2-3 22:34
您看一下 ，这是内存状况，怎样改进：
[root@node01 ~]# free -m
total used ...
看不出来，你多观察几次内存情况，尤其是缓存部分；还有测试NPAR
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发表于 Post on 2023-2-5 20:03:17
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好像一般NPAR=4 比较快
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