主条目：2018年冬季奥林匹克运动会相关问题
半岛局势问题
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主条目：朝鲜半岛南北关系和2018年冬季奥林匹克运动会朝鲜代表团
本届冬奥会前夕，朝鲜加紧核试验、频繁试射导弹。外界普遍担忧本届冬奥会的安全性。
2017年9月20日，韩国总统文在寅承诺会确保奥运会安全[116]。次日，法国青年事务与体育部长劳拉·弗莱塞尔-科洛维奇表示如果该国代表团的安全无法得到保障，将退出本届奥运[117]，一天后，澳大利亚和德国也表达类似的担忧，也表示会退出奥运会。后法国重申不会退出[118]。
2017年12月初，美国常驻联合国代表妮基·黑利称美国是否会参加本届冬奥会已成了“公开的疑问”，而这是因为担忧地区安全问题[119]。但几天后白宫新闻秘书莎拉·桑德斯表示美国“打算参赛”[120]。
随着朝鲜宣布参加本届冬奥会，特朗普政府曾有讨论过抵制本届冬奥会[121]，但最终副总统迈克·彭斯携妻子出席了本届冬奥会开幕式[122]。
2018年1月1日，金正恩发表新年演讲，提出在朝鲜参与本届冬奥会期间于首尔进行会谈[123]。1月18日，朝韩两国两年来首次进行高级会谈，共同宣布组建朝韩女子冰球联队（英语：Korea women's national ice hockey team），并在开幕式手持半岛旗进场[124][125]。惟部分韩国民众极力反对这一举措，他们认为政府正试图利用本届冬奥会传播亲朝鲜情绪，冰球联队不会如愿以偿[126]。一同时，一部名为《平昌遗憾》（韩语：평창유감）的说唱视频在韩国网络上流传，称赛事成了“平壤奥运会”[127]。
日本外务大臣河野太郎甚至警告称，韩国不应该对朝鲜的“魅力攻势”疲软，轻易放松国家的压力[124][128]。
韩国总统文在寅在开幕式上和朝鲜领导人金正恩的妹妹金与正握手。这是自朝鲜战争以来金日成家族成员首次造访韩国[129][130]。
相反，美国副总统迈克·彭斯在平昌会见了在朝鲜遭拘禁的奥托·瓦姆比尔的父亲弗雷德·瓦姆比尔和脱北者群体[131]。这使得朝鲜在最后时刻取消了和彭斯的会面[132]。
闭幕式上，朝鲜派出金英哲将军作为代表。而他的出现受到韩国保守派的反对，称他在天安号沉没事件有着重大责任，韩国统一部表示“指出事件负责人有局限性”。尽管受到制裁，韩国还是没有限制他在韩国进行访问活动[133][134]。
俄罗斯禁药丑闻
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获赞成的俄罗斯奥运会运动员标志。
主条目：俄罗斯体育禁药、2014年冬季奥林匹克运动会俄罗斯代表团、2016年夏季奥林匹克运动会俄罗斯代表团 § 禁药丑闻和2018年冬季奥林匹克运动会俄罗斯奥林匹克运动员
2017年12月5日，国际奥委会宣布立即禁止俄罗斯奥委会参加2018年冬奥会。此前没有违反禁药规定且尿检历史一直良好的运动员可以在奥运五环旗下以“俄罗斯奥运运动员”身份参赛[135]。依照法令条款，俄罗斯政府官员被禁止出席奥运会，国旗和国歌都不能出现，改用奥林匹克旗和奥林匹克圣歌。2017年12月20日，奥委会提议代表团制服使用替代标志（见右方）[136]。国际奥委会主席托马斯·巴赫表示：“在遵循正当程序后，国际奥委会对这一系统性的操纵行为进行了按比例的制裁，同时保护清白运动员[137]。”
到2018年1月，奥委会按照奥斯瓦尔德委员会（英语：Oswald Commission）制裁了索契冬奥会的43名俄罗斯运动员，禁止他们参加2018年及日后的奥运会。除了其中一名运动员，所有人就他们的禁令上诉至国际体育仲裁院。仲裁院推翻了对28名运动员的制裁，恢复他们在索契获得的奖牌和成绩，但确认有足够的证据维持对11名运动员的制裁。国际奥委会在声明表示：“仲裁院决定结果并不意味着28名运动员将被邀请参加奥运会，不被制裁不会自动获得邀请特权”，“该案可能会对未来的反禁药运动产生严重影响。”国际奥委会认为，值得注意的是，国际体育仲裁院秘书长“坚称仲裁院的决定并不意味28名运动员是清白无辜的”，会考虑对仲裁结果提出上诉。仲裁院还决定应该仅禁止39名运动员参加2018年冬奥会。3名俄罗斯运动员仍然等待在2018年奥运会过后进行听证[138]。仲裁院决定公布后，28名赢得仲裁的运动员中，有15名（其中2名已退役，如今担任教练）申请奥运会邀请，但被国际奥委会拒绝[139].。
俄罗斯曾考虑为本届奥运会派出500名备选的运动员，但经过考量立刻减掉了111名。剩下的运动员必须满足赛前条件，比如进一步的赛前测试和在分析储存样本。只有符合要求才能获邀参加奥运会。备选运动员均未被奥斯瓦尔德委员会制裁[140]。受邀参加比赛的中立俄罗斯运动员人数最终确定为169人[141]。
此前，俄罗斯总统弗拉基米尔·普京和其他官员表示，不允许他们的运动员拿着俄罗斯国旗参赛，对俄罗斯来说是奇耻大辱[142]。然而，他的发言人后来说没有讨论过抵制[135]。国际奥委会决定宣布后，车臣首脑拉姆赞·卡德罗夫表示车臣运动员不会以中立旗帜参赛[143]。12月6日，普京表示政府不会阻止运动员以个人名义参赛，但其他政客大声疾呼，要求抵制[39][144]。俄罗斯联邦共产党主席根纳季·安德烈耶维奇·久加诺夫提议给观众送去苏联胜利旗[145]。俄罗斯外交部长谢尔盖·维克托罗维奇·拉夫罗夫表示美国“惧怕公平比赛”[146]，肯定普京认为美国在国际奥委会内部发挥影响力，“与禁药丑闻一唱一和”的立场[147]。俄罗斯报纸《共青团真理报》调查显示，86%的民众反对以中立旗帜参加奥运会[148]。
国际奥委会的拒绝遭到世界反运动禁药机构俄罗斯禁药计划首席调查员杰克·罗伯特森（Jack Robertson）的反对，表示国际奥委会发布“非惩罚性的惩罚意味在保护国际奥委会和俄罗斯的商业和政治利益的同时保存颜面。”他还强调俄罗斯告密者提供经验证据，“99%的国家级运动员都用了禁药”。他表示：“（世界反运动禁药机构）已经发现，俄罗斯运动员（达到）国家层面时，要么用禁药，要么完蛋，没有选择余地。”“目前我没有看到或听到任何情报，暗示国家资助的禁药计划已经消停”，他补充道[149]。另据报道，俄罗斯官员密集游说美国政客，希望将大举报人格雷戈里·罗德契科夫引渡回俄罗斯[150]。
国际体育仲裁院推翻了28名俄罗斯运动的禁令，恢复他们的奖牌的决定，遭到包括国际奥委会主席托马斯·巴赫等官员的猛烈抨击，巴赫表示该决定“非常让人失望和意外”。格雷戈里·罗德契科夫的律师表示“仲裁院的决定允许使用禁药的运动员逃避惩罚[151]。”“（仲裁院的决定）为腐败的俄罗斯禁药体制，特别是普京带来不义之财。”，他补充道[152]。
生态问题
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环保团体对建造旌善高山滑雪中心时砍伐加里王山（英语：Gariwangsan）森林的问题表示担忧。政府表示必须伐树才能建造符合奥运标准的斜坡，赛后将会恢复森林。由于森林包含树龄较长的稀有树种，团体对老树的生长持怀疑态度[153]。
裁判判决引起不满
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此次冬奥会裁判判罚问题引起了中国的不满。其因是短道速滑的判罚[154]，在女子短道速滑接力赛中，中国队感到遭受不公正[155]的判罚[156]，同样引起关注的是花样滑冰的判罚[157]。